Sesuai peraturan Wali Kota Padangsidimpuan Nomor 42 Tahun 2016 tentang tugas,fungsi dan tata kerja Dinas kependudukan dan Pencatatan Sipil Kota Padangsidimpuan.

Susunan Organisasi Dinas, terdiri dari:
A. Dinas;
B. Sekretariat, terdiri dari;
1. Subbagian Perencanaan;
2. Subbagian Keuangan; dan
3. Subbagian Umum dan Kepegawaian.
C. Bidang Pelayanan Pendaftaran Penduduk, terdiri dari:
1. Seksi Identitas Penduduk;
2. Seksi Pindah Datang Penduduk; dan
3. Seksi Pendataan Penduduk.
D. Bidang Pelayanan Pencatatan Sipil, terdiri dari:
1. Seksi Kelahiran;
2. Seksi Perkawinan dan Perceraian; dan
3. Seksi Perubahan Status Anak, Kewarganegaraan dan Kematian.
E. Bidang Pengelolaan Informasi Administrasi Kependudukan, terdiri dari:
1. Seksi Sistem Informasi Administrasi Kependudukan;
2. Seksi Pengolahan dan Penyajian Data Kependudukan; dan
3. Seksi Tata Kelola dan Sumber Daya Manusia, Tekonologi Informasi dan Komunikasi.
F. Bidang Pemanfaatan Data dan Inovasi Pelayanan, terdiri dari:
1. Seksi Kerjasama;
2. Seksi Pemanfaatan Data dan Dokumen Kependudukan; dan
3. Seksi Inovasi Pelayanan.
G. UPTD; dan
H. Kelompok Jabatan Fungsional Tertentu.